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非应税交易的另一重大变化在于《实施条例》第二十二条新增了不得抵扣条款，明确不得抵扣的非应税交易对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，自此将非应税交易分层为“可抵扣的非应税交易”和“不得抵扣的非应税交易”，其中“不得抵扣的非应税交易”需同时符合两个情形，其一是发生《增值税法》第三条至第五条应税交易和视同应税交易以外的经营活动，并取得与之相关的货币或者非货币形式的经济利益，其二为不属于上述《增值税法》第六条规定的四项不征税情形。但实践中，非应税交易的范畴远大于第六条中列举，或在先通过规范性文件规制，包括非上市公司股权转让、债权转让、因资产重组而发生的实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力的一并转让、与销售收入或数量不挂钩的财政补贴收入、合同未履行而终止下收取的违约金、无偿赠与或捐赠等等，如何判断以上非应税交易对应的进项税额是否抵扣，需要审慎的专业判断，有些也存在争议，亟待相关的配套公告予以释明。
对于小规模纳税人向一般纳税人的转换机制，仍为年应征增值税销售额超过《增值税法》第九条规定的五百万元标准即应办理变更登记，但办理登记或按一般计税方法计算缴纳增值税的节点发生重大变化，此前规定为超标所属申报期结束后15日内办理登记，《实施条例》第三十六条明确应自超标“当期”起按照一般计税方法计算缴纳增值税，至此不再存在小规模纳税人超标后仍可在登记期内以简易计税方法按照销售额和征收率计算应纳税额的可能。此外，2026年1月1日国家税务总局发布《关于增值税一般纳税人登记管理有关事项的公告》（2026年第2号），一般纳税人的认定从“登记生效主义”变为“实质生效主义”，小规模纳税人因隐匿收入导致补缴税款时的增值税税率或将从1%最高上升为13%。
主要变化及影响：《增值税法》及《实施条例》取消了“混合销售”的表述（为便于表述仍适用该词），《增值税法》第十三条第一款将混淆销售的范围拓宽为包含两个以上涉及不同税率、征收率的业务，不再局限于“货物”+“服务”，同时《实施条例》第十条第二项修改了“主要业务”的判定标准，以“交易的实质和目的”来判断主附业务以确定适用税率，主要业务居于主体地位，体现交易的实质和目的，附属业务是主要业务的必要补充，并以主要业务的发生为前提，此前以主体业务范围或销售额占比为认定主业标准的争议自此终结，但对于主附业务的判断，未来在实践中仍有可能出现较大争议，企业日常经营中应事先考量交易结构的设计，优化合同条款安排，事先控制税务风险，实现合法利益最优。
《增值税法》第二十四条列举了九项免征增值税项目，《增值税暂行条例》列举的“避孕药品和用具”未被自动平移至新的免税项目，该调整意味着部分历史上基于特定政策背景设立的优惠项目，在立法评估后可能被视为已完成其阶段性目标或可通过其他政策工具替代，从而在法律层面予以清理或调整，确保了优惠政策的时效性与必要性。《实施条例》第二十七条明确将“营利性美容医疗机构”提供的医疗服务排除在免税范围之外，保留优惠项目但设定了精确适用边界，将美容医疗机构区分为“营利性”和“非营利性”，将纯粹市场化、消费升级属性的医疗美容服务剥离出税收优惠体系将税收优惠的惠及范围，精准锚定在具有公益属性、满足基本医疗需求的服务上，体现了立法者意图运用税收工具更精细地区分社会公共服务与商业经营行为，确保税收中性，防止政策套利。
基于征管角度，这一变革将增值税征管深度延伸至海量的B2C（企业对个人）业务，特别是在共享经济、平台经济、灵活用工、网络货运以及个人专业服务（如独立顾问、设计师、讲师、自媒体从业者）等领域，绝大部分经营活动所得将被全面纳入税收监控网络，传统意义上的“征管盲区”被大幅压缩，此前支付方通常无法取得进项发票抵扣或企业所得税税前扣除凭证的困境也将有效化解，企业必须新增对交易对手方纳税人身份的强制性审核环节，并准确履行计算与扣缴义务，否则将承担相应的补税风险、行政风险与刑事风险。此外，国家税务总局2025年10月1日发布的《国家税务总局关于互联网平台企业为平台内从业人员办理扣缴申报、代办申报若干事项的公告》（2025年第16号）已规定的主播取得直播平台的劳务报酬所得平台应代办增值税申报，如何与该条衔接适用，仍需配套文件进一步明确调整。
《实施条例》第五十三条将已在所得税领域成熟应用的“一般反避税”（GAAR）规则正式引入增值税体系，标志着我国增值税监管逻辑的一次重大升级。对于纳税人实施不具有合理商业目的的安排，进而减少、免除、推迟缴纳增值税税款，或者提前退税、多退税款的，税务机关可依《税收征收管理法》等予以调整。从注重交易形式的合规性审查，转向同时强调交易实质的经济合理性判断，直接打击目标明确指向那些缺乏商业实质，主要以套取退税、虚增进项、转移税负或人为制造税收利益为目的的复杂安排，划定了税务规划与安排的合规边界，要求任何重大的交易结构设计、定价策略或商业模式选择，都必须具备坚实的经济实质和真实的商业逻辑作为支撑，也将推动企业的税务合规从“形式遵从”迈向“实质遵从”。
